1. είτε με την προσέλευση των κτηνοτρόφων στην τοπική Κτηνιατρική Υπηρεσία, όπου προσκομίζουν το Μητρώο Εκμετάλλευσης Αιγοπροβάτων ή Χοιρινών συμπληρωμένο και πλήρως ενημερωμένο με όλες τις μεταβολές (γεννήσεις, θανάτους, σφαγές, αγοραπωλησίες).
2. είτε με τη χρήση της αντίστοιχης ψηφιακής υπηρεσίας, χωρίς να απαιτείται η παρουσία του κτηνοτρόφου στην υπηρεσία. Η εγγραφή και η πρόσβαση του κάθε ενδιαφερομένου στην ψηφιακή υπηρεσία κοινοποίησης της ετήσιας απογραφής του ζωικού κεφαλαίου γίνεται μέσω της ηλεκτρονικής διεύθυνσης http://e–services.minagric.gr), ακολουθώντας κατά βήμα τις οδηγίες που διατίθενται αναρτημένες στον ιστότοπο του ΥπΑΑΤ. Αυτή η ψηφιακή  υπηρεσία ενεργοποιείται  την 1η Νοεμβρίου για τα αιγοπρόβατα και την 1η Δεκεμβρίου για τα χοιρινά, αντίστοιχα.

Κατά την υποβολή των απογραφικών στοιχείων μέσω της ψηφιακής υπηρεσίας, εκδίδεται σχετική βεβαίωση την οποία ο χρήστης εκτυπώνει και επισυνάπτει στο μητρώο της εκμετάλλευσής του. Επισημαίνεται ότι, η υποχρέωση του κατόχου για την γραπτή ενημέρωση του μητρώου της εκμετάλλευσής του, υφίσταται ανεξάρτητα της ψηφιακής υποβολής της απογραφής.