Το Τμήμα Ποιοτικού, Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου και Φυτοπροστασίας είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. το φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγόμενων και εξαγόμενων φυτικών προϊόντων, πολλαπλασιαστικού υλικού και φυτωρίων καθώς και ξύλινων μέσων συσκευασίας και έκδοση αντιστοίχων πιστοποιητικών,
2. τους φυτοϋγειονομικούς ελέγχους- επισκοπήσεις δειγματοληψίες και λήψη μέτρων για την καταστροφή οργανισμών καραντίνας,
3. την τήρηση φυτοϋγειονομικού μητρώου και έκδοση φυτοϋγειονομικού διαβατηρίου,
4. Την επισήμανση και την παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και την εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπισή τους καθώς και την προώθηση και τον έλεγχο της εφαρμογής των αρχών της ολοκληρωμένης φυτοπροστασίας σε καλλιέργειες σε επίπεδο Π.Ε.,
5. την έκδοση δελτίων γεωργικών προειδοποιήσεων σε συνεργασία με τις αρμόδιες αρχές,
6. τον ποιοτικό έλεγχο διακινουμένων, εισαγόμενων και εξαγόμενων τροφίμων,  νωπών, μεταποιημένων και υπερκαταψυγμένων φυτικών προϊόντων,
7. την τήρηση Μητρώου Εμπόρων Νωπών Οπωροκηπευτικών,
8. τον έλεγχο εγκαταστάσεων μονάδων τυποποίησης, μεταποίησης και οικοτεχνίας (ΚΗΜΟ) φυτικών προϊόντων σύμφωνα με την ισχύουσα Κοινοτική και Εθνική νομοθεσία ως προς την τυποποίηση, μεταποίηση, διακίνηση και εμπορία αυτών,
9. τον έλεγχο εφαρμογής οινικής νομοθεσίας σε οινοβιομηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση και εμπορία οινικών προϊόντων,
10. την εφαρμογή προγραμμάτων δακοκτονίας, αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας,
11. τον έλεγχο της εφαρμογής της νομοθεσίας περί «γεωργικών φαρμάκων – φυτοπροστατευτικών προϊόντων»,
12. τον έλεγχο εγκαταστάσεων τυποποίησης ελαιολάδου και χορήγησης έγκρισης προέλευσης σύμφωνα με τους ισχύοντες ευρωπαϊκούς και εθνικούς κανονοσμούς,
13. τον έλεγχο και δειγματοληψία τροφίμων φυτικής προέλευσης στην εγχώρια αγορά,

Το Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής και Υλοποίησης Δράσεων του ΠΑΑ είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την υποβολή προτάσεων και μελετών για τη προώθηση και εφαρμογή διαρθρωτικών προγραμμάτων αναδιάρθρωσης καλλιεργειών,
2. τη διαφύλαξη και προστασία της γεωργικής γης από αλλαγή χρήσης και ιδιαίτερα της γεωργικής γης υψηλής παραγωγικότητας, το χαρακτηρισμό γεωργικής γης και έκδοση σχετικών βεβαιώσεων,
3. την προώθηση αιτημάτων δημιουργίας και τη σύσταση πρωτοβάθμιων επιτροπών για την αναγνώριση Ομάδων Παραγωγών, τον έλεγχο τήρησης υποχρεώσεων των ήδη αναγνωρισμένων οργανώσεων παραγωγών, τη στήριξη αυτών για την αντιμετώπιση οικονομικών και διαρθρωτικών θεμάτων σύμφωνα με την ευρωπαϊκή και εθνική νομοθεσία καθώς και την προώθηση των επιχειρησιακών τους προγραμμάτων,
4. την τήρηση και την επικαιροποίηση της βάσης δεδομένων του αμπελουργικού και ελαιοκομικού μητρώου και μητρώου μελισσοκόμων,
5. τη χορήγηση αδειών ανασύστασης αμπελοφυτειών και προμήθειας αντιφυλλοξηρικών μοσχευμάτων αμπέλου και λοιπά αμπελουργικά θέματα σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,
6. τη χορήγηση αλφαριθμητικού κωδικού έγκρισης για την αναγραφή της προέλευσης ελαιολάδου σε επιχειρήσεις τυποποίησης και συσκευασίας ελαιολάδου και την τήρηση των όρων και προϋποθέσεων χορήγησης της έγκρισης,
7. την εξέταση θεμάτων πρόωρης συνταξιοδότησης αγροτών,
8. την εφαρμογή διαδικασιών και τη συστηματική παρακολούθηση της πορείας υλοποίησης των πράξεων του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης που αφορούν τις επενδύσεις σε γεωργικές εκμεταλλεύσεις (Σχέδια Βελτίωσης), σε μονάδες μεταποίησης και εμπορίας αγροτικών προϊόντων και τις ενισχύσεις εκκίνησης επιχείρησης για νέους γεωργούς,
9. τη μέριμνα για την έκδοση των απαιτούμενων αποφάσεων περί αναγκαστικής εισδοχής ποιμνίων σε βοσκές,
10. την αξιολόγηση τεχνικοοικονομικών μελετών και την παρακολούθηση υλοποίησης επενδυτικών σχεδίων των προγραμμάτων των δραστηριοτήτων των ΟΕΦ στους τομείς του ελαιόλαδου και της Ελιάς,
11. την εφαρμογή και την παρακολούθηση της παραγωγικής διαδικασίας για την παραγωγή προϊόντων ολοκληρωμένης διαχείρισης,  ΠΟΠ, ΠΓΕ, Βιολογικά κ.λπ.,
12. την εφαρμογή των αγροπεριβαλλοντικών προγραμμάτων και την παρακολούθηση της εκτέλεσής τους,
13. τη σύνταξη μελετών για την δυνατότητα ανάπτυξης της βοοτροφίας, αιγοπροβατοτροφίας, χοιροτροφίας, πτηνοτροφίας, σαλιγκαροτροφίας, μελισσοκομίας και λοιπών αγροτικών ζώων σε περιοχές της Π.Ε. αρμοδιότητάς του,
14. τη ρύθμιση θεμάτων που προκύπτουν από τη χωροθέτηση της γεωργικής γης και των βοσκοτόπων, την αλλαγή της χρήσης τους, τις εγγειοδιαρθρωτικές επεμβάσεις στις ιδιωτικές γεωργικές εκμεταλλεύσεις και τη μελέτη των σχετικών προβλημάτων, σε συνεργασία με τη ΔΑΟ/ΠΔΕ,
15. την εισήγηση για την, κατά παρέκκλιση των όρων δόμησης, κατασκευή γεωργοκτηνοτροφικών κτισμάτων και την έκδοση αδειών σταβλικών εγκαταστάσεων,
16. τον έλεγχο κυκλοφορίας ζωοτροφών, τις εγγραφές και εγκρίσεις παραγωγών, εμπόρων και διακινητών ζωοτροφών και τη γνωμοδότηση επί της προκαταρκτικής περιβαλλοντικής εκτίμησης και αξιολόγησης καθώς και των  περιβαλλοντικών όρων των πτηνοκτηνοτροφικών εκμεταλλεύσεων,
17. τη συγκρότηση Περιφερειακής Επιτροπής Χωροταξίας & Περιβάλλοντος Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων Περιφέρειας Δυτικής Ελλάδας (ΠΕΧΩΠ) με έργο την διατύπωση των θέσεων και απόψεων του Υπ.Α.Α.Τ. για κάθε Χωροταξικό & Περιβαλλοντικό θέμα σε επίπεδο Π.Ε.

Το Τμήμα Πολιτικής Γης είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. τη σύνταξη σε συνεργασία με αρμόδιες υπηρεσίες και φορείς προγραμμάτων εργασιών αναδασμού, διαχωρισμών, διανομών, κτηματολογίων και γεωτοπογραφήσεων και μέριμνα για την έγκριση και εκτέλεσή τους,
2. τη συλλογή, ταξινόμηση, αξιολόγηση και παράδοση στο αρχείο όλων των πληροφοριών για τη γη, ιδίως των κτηματολογικών και φυσικών διαθέσιμων που συλλέγονται σε κάθε εργασία υπαίθρου,
3. την τήρηση αρχείου τεχνικών και κτηματολογικών στοιχείων των εκτελούμενων εργασιών, την αναπαραγωγή διαγραμμάτων και κτηματολογικών πινάκων και τη διάθεσή τους σε υπηρεσίες, οργανισμούς και ιδιώτες,
4. την τήρηση αρχείου τριγωνομετρικού, πολυγωνομετρικού και υψομετρικού δικτύου και αρχείου δημοσίων εκτάσεων του ΥΠΑΑΤ,
5. τη συνεργασία με τους αρμόδιους φορείς για τη σύνταξη του Εθνικού Κτηματολογίου, την τήρηση ενιαίων προδιαγραφών παραγωγής κτηματολογικού προϊόντος και τη διαχείριση των κτηματολογικών διαγραμμάτων,
6. τη σύνταξη, τήρηση, συμπλήρωση και ολοκλήρωση θεματικών χαρτών,
7. τη μεταβίβαση εκτάσεων στους ΟΤΑ Α΄ βαθμού, την προστασία των εποικιστικών εκτάσεων από αυθαίρετες καταλήψεις, την παραχώρηση αυθαίρετα κατεχομένων εκτάσεων και τη βεβαίωση του οφειλόμενου τιμήματος,
8. την εκμίσθωση κοινόχρηστων και διαθέσιμων επικοιστικών εκτάσεων για καλλιέργεια και για οποιαδήποτε εκμετάλλευση σε αγροτικούς συνεταιρισμούς και ομάδες παραγωγών,
9. τον έλεγχο για την προβολή δικαιωμάτων του Δημοσίου επί εκτάσεων κατόπιν αιτημάτων διαφόρων φορέων.

Το Τμήμα Εγγείων Βελτιώσεων είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την εφαρμογή των οδηγιών για τη μελέτη του βαθμού εκμηχάνισης κατά κλάδο αγροτικής παραγωγής, το χαρακτηρισμό και το κόστος εργασίας των μηχανημάτων, της εκλογής των κατάλληλων μηχανημάτων, σύμφωνα με το είδος και το μέγεθος των εκμεταλλεύσεων, των ενεργειακών αναγκών των αγροτικών μηχανημάτων, καθώς και τη χρήση εναλλακτικών και ανανεώσιμων πηγών ενέργειας,
2. την απογραφή, τον έλεγχο, τη χορήγηση αδειών και πινακίδων κυκλοφορίας, τον έλεγχο και θεώρηση κυκλοφορούντων γεωργικών μηχανημάτων και τον έλεγχο καταλληλότητας συνεργείων επισκευής γεωργικών μηχανημάτων,
3. τη διεξαγωγή εξετάσεων για χορήγηση αδειών οδήγησης και πτυχίων χειριστών γεωργικών μηχανημάτων,
4. την εξέταση θεμάτων αγροτικού εξηλεκτρισμού για ηλεκτροδότηση αντλητικών συγκροτημάτων, κτηνοτροφικών και θερμοκηπιακών εκμεταλλεύσεων και τη σύνταξη προγραμμάτων έργων αγροτικού εξηλεκτρισμού,
5. την εκπόνηση γεωργοτεχνικών, γεωργοοικονομικών και γεωλογικών μελετών σε συνεργασία με το Τμήμα Προγραμματισμού, Μελετών και Αναπτυξιακών Προγραμμάτων Αγροδιατροφής της Διεύθυνσης Αγροτικής Οικονομίας της Περιφέρειας,
6. το σχεδιασμό και την εκτέλεση προγραμμάτων δειγματοληψιών και επιτόπιων μετρήσεων σε αρδευτικές υδροληψίες για τον έλεγχο της ποιότητας και της ποσότητας υπόγειων και επιφανειακών υδάτων προς άρδευση,
7. τη μέριμνα για την ορθή, εύρυθμη και βιώσιμη λειτουργία των Τοπικών Οργανισμών Εγγείων Βελτιώσεων (ΤΟΕB), σύμφωνα με το ν.δ. 3881/1958 (Α΄ 181) και τις κανονιστικές πράξεις που έχουν εκδοθεί κατ’ εξουσιοδότηση αυτού,
8. την εποπτεία, ήτοι το διοικητικό, τεχνικό και διαχειριστικό - οικονομικό έλεγχο των αντικειμένων των Τοπικών Οργανισμών Εγγείων Βελτιώσεων (ΤΟΕΒ), των Προσωρινών Διοικουσών Επιτροπών (ΠΔΕ) και των Τοπικών Επιτροπών Αρδεύσεων (ΤΕΑ), σύμφωνα με το ν.δ. 3881/1958 και τις κανονιστικές πράξεις που έχουν εκδοθεί κατ’ εξουσιοδότησή του.

Το Τμήμα Κτηνιατρικής είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την έκδοση υγειονομικών πιστοποιητικών για τη διακίνηση των ζώων και ζωικών προϊόντων, την πιστοποίηση της άφιξης αυτών και την ενημέρωση του συστήματος TRACES,
2. την καταχώρηση σε μητρώα των εμπόρων ζώντων ζώων και ζωικών προϊόντων,
3. την πραγματοποίηση κρεοσκοπικού ελέγχου στα σφαγεία της περιοχής αρμοδιότητάς τους,
4. την έκδοση απόφασης λήψης και άρσης μέτρων στα πλαίσια της προστασίας και παρακολούθησης της υγείας των ζώων, των ιχθύων και των μελισσών,
5. την εκτέλεση των προγραμμάτων εμβολιασμού και εξυγίανσης του ζωικού κεφαλαίου, όπως ορίζονται από την κείμενη Νομοθεσία και την Κεντρική Αρμόδια Αρχή και ανατίθενται από την Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας,
6. την πραγματοποίηση Τεχνητής Σπερματέγχυσης στο ζωικό κεφάλαιο της Π.Ε., τήρηση αρχείων σύμφωνα με τις κατευθύνσεις της Κεντρικής Αρμόδιας Αρχής και κοινοποίηση αυτών στη Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας,
7. την πραγματοποίηση δειγματοληψιών στα πλαίσια του Εθνικού Προγράμματος Ελέγχου Καταλοίπων και του ΠΟΕΣΕ, όπως αυτοί ανατίθενται από την Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας,
8. τη χορήγηση οικονομικών αποζημιώσεων και ενισχύσεων που προκύπτουν από την επιβολή κτηνιατρικών μέτρων εξυγίανσης του ζωικού κεφαλαίου,
9. τη χορήγηση άδειας λειτουργίας σε εκμεταλλεύσεις ορνίθων πολλαπλασιασμού, επιλογής και εκκολαπτηρίου,
10. την καταχώρηση – έγκριση εγκαταστάσεων και εκθέσεων, οργανισμών και ινστιτούτων αγρίων ζώων,
11. τη χορήγηση και ανάκληση άδειας λειτουργίας κτηνιατρικών κλινικών και ενδιαιτημάτων, ιατρείων μικρών ζώων, γραφείων παραγωγικών ζώων, καταστημάτων λιανικής και χονδρικής πώλησης κτηνιατρικών φαρμάκων και μεταφορέων ζώντων ζώων,
12. τη χορήγηση και ανάκληση αδειών  εκτροφής, αναπαραγωγής και εμπορίας σκύλων, εκθέσεων σκύλων, καθώς και αδειών ίδρυσης και λειτουργίας καταφυγίου αδέσποτων ζώων και έλεγχος αυτών,
13. την πραγματοποίηση ελέγχων στα πλαίσια της Εθνικής και Κοινοτικής Νομοθεσίας για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου και την προστασία της ευζωίας των ζώων,
14. την πραγματοποίηση ελέγχων εγκαταστάσεων παραγωγής, επεξεργασίας και μεταποίησης ζωικών προϊόντων και καταστημάτων λιανικής πώλησης ζωικών προϊόντων, καθώς και εγκαταστάσεων συλλογής, αποθήκευσης και διαχείρισης ζωικών υποπροϊόντων,
15. τη συμμετοχή στο κλιμάκιο επισήμων κτηνιάτρων σε συνεργασία με την Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας, που θα γνωμοδοτεί στις Κεντρικές Αρμόδιες Αρχές για την έγκριση ή μη εγκαταστάσεων τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.

Το Τμήμα Αλιείας είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. τη διοίκηση, διαχείριση και εκμετάλλευση ιχθυοτρόφων υδάτων, εκτός των περιπτώσεων που ορίζονται στο ν.4282/2014,
2. τη διαδικασία μίσθωσης και την παρακολούθηση εφαρμογής των όρων αυτής, των ιχθυοτρόφων εν γένει υδάτων, εκτός των περιπτώσεων που ορίζονται στο ν.4282/2014, τον καθορισμό της προστατευτικής ζώνης πέριξ του τοποθετουμένου αλιευτικού εργαλείου σε θαλάσσιους παραλιακούς χώρους,
3. την έκδοση όλων των σχετικών αποφάσεων που αφορούν τη δοκιμαστική τοποθέτηση ταλιανίων,
4. την έγκριση διάθεσης πίστωσης και πληρωμών βελτιωτικών έργων στα εσωτερικά ύδατα από το ποσοστό 5% της αξίας της αλιευόμενης παραγωγής του μισθίου,
5. την έκδοση αποφάσεων καθορισμού της διάρκειας, έναρξης και λήξης της απαγορευτικής περιόδου αλιείας στους ποταμούς, τις λίμνες και τις τεχνητές λίμνες της Π.Ε. αρμοδιότητάς τους, καθώς και αποφάσεις επιβολής ειδικών ή πρόσθετων περιοριστικών μέτρων αλιείας στα εσωτερικά ύδατα,
6. τη χορήγηση άδειας αλιείας γόνου ιχθύων και λοιπών υδρόβιων οργανισμών, την έκδοση αποφάσεων για εισαγωγή υδρόβιων ζώων και αυγών αυτών από το εξωτερικό για τεχνητή εκτροφή, για τον εμπλουτισμό εσωτερικών υδάτων, και τη χορήγηση άδειας μετακίνησης για εισαγωγή ξένων ή μετατόπιση απόντων σε τοπικό επίπεδο ειδών,
7. το χαρακτηρισμό ως γεωργικών επιχειρήσεων των βιοτεχνικών και βιομηχανικών εγκαταστάσεων που αφορούν υδατοκαλλιεργητικές εκμεταλλεύσεις,
8. τη χορήγηση και την ανανέωση αδειών αλιείας σκαφών εσωτερικών υδάτων, την παρακολούθηση αλιευτικού στόλου και έκδοση αποφάσεων μεταβολών του αλιευτικού στόλου θαλάσσιας αλιείας και αλιείας εσωτερικών υδάτων,
9. τις βεβαιώσεις και λοιπά έγγραφά επί της κατάστασης λειτουργίας και παραγωγής μονάδων ιχθυοτροφικών εκμεταλλεύσεων, μονάδων υδατοκαλλιέργειας και αλιευτικών σκαφών/αλιέων (βεβαίωση επαγγελματικής ιδιότητας λαϊκής αγοράς κτλ), τη θεώρηση εγγράφων τεκμηρίωσης αλιείας τόνου (BCD) και γνωμοδοτήσεις για μονάδες υδατοκαλλιέργειας,
10. την παροχή γνώμης για κάθε παραχώρηση χρήσης θαλασσίων και λιμναίων υδάτινων εκτάσεων για την ίδρυση – επέκταση ή μετεγκατάσταση μονάδας υδατοκαλλιέργειας,
11. την εισήγηση, αξιολόγηση & παρακολούθηση υλοποίησης επενδυτικών σχεδίων Τομέων Αλιείας, Υδατοκαλλιεργειών και Μεταποίησης-Εμπορίας που υποβάλλονται στα πλαίσια Επιχειρησιακών Προγραμμάτων Αλιείας,
12. την εφαρμογή και παρακολούθηση των Εθνικών Σχεδίων Διαχείρισης τομέα Αλιείας (μηχανότρατας, γρι-γρι, τόνου, ξιφία, χελιού, κλπ), το χειρισμό, την παρακολούθηση και διαχείριση των διεργασιών του Ολοκληρωμένου Συστήματος Παρακολούθησης Αλιείας (ΟΣΠΑ)

Τα Περιφερειακά Γραφεία Αγροτικής Οικονομίας ασκούν τις αρμοδιότητες, σε τοπικό επίπεδο εντός της οικείας Π.Ε.,  του  ποιοτικού και φυτοϋγειονομικού ελέγχου και φυτοπροστασίας, φυτικής και ζωικής παραγωγής, υπαγόμενα διοικητικά στο Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής και Υλοποίησης Δράσεων του ΠΑΑ.

Τα Περιφερειακά Αγροτικά Κτηνιατρεία ασκούν τις αρμοδιότητες, σε τοπικό επίπεδο εντός της οικείας Π.Ε., του Τμήματος Κτηνιατρικής της Διεύθυνσης, στο οποίο και υπάγονται διοικητικά.

Τα Γραφεία Γραμματειακής Υποστήριξης είναι αρμόδια ιδίως για:

1. την οργάνωση, ταξινόμηση και τήρηση του πρωτοκόλλου καθώς και το φυσικό και ηλεκτρονικό αρχείο της Διεύθυνσης,
2. τη διεκπεραίωση και διακίνηση της αλληλογραφίας της υπηρεσίας και αρχειοθέτηση,
3. την επικύρωση, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, αντιγράφων και φωτοαντιγράφων, οποιονδήποτε εγγράφων ή δικαιολογητικών, τα οποία τηρούνται στο αρχείο της Διεύθυνσης,
4. ζητήματα διοικητικών λειτουργιών και προσωπικού.