Η Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Λειτουργίας είναι αρμόδια για το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σε αυτή, την εξασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας τους και την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.

Η Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Λειτουργίας συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:

1. Διεύθυνση Διαφάνειας και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
2. Διεύθυνση Εξυπηρέτησης του Πολίτη, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
3. Διεύθυνση Διοίκησης, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
4. Διεύθυνση Οικονομικού - Δημοσιονομικού Ελέγχου, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
5. Διεύθυνση Διοικητικού−Οικονομικού Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας, με έδρα το Μεσολόγγι και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Αιτωλοακαρνανίας
6. Διεύθυνση Διοικητικού−Οικονομικού Περιφερειακής Ενότητας Ηλείας, με έδρα τον Πύργο και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Ηλείας