Η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής είναι αρμόδια για την οργάνωση, τον  συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των  οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή την παροχή κατευθυντηρίων οδηγιών,  προκειμένου να εξασφαλιστεί η βέλτιστη λειτουργικότητα και αποδοτικότητά τους, καθώς και τις αρμοδιότητες που απορρέουν από την ΥΑ 2545/2016 (ΦΕΚ Β’ 3447/25.10.2016) όπως ισχύει και με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις. Έχει τακτική και συστηματική συνεργασία με τα καθ΄ ύλην αρμόδια Υπουργεία  κατά κύριο λόγο, για αλληλοενημέρωση σε υπηρεσιακά θέματα, επίλυση προβλημάτων που προκύπτουν, απάντηση σε ερωτήματα που δημιουργούνται από την εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας σχετικά με την αγροτική οικονομία, κτηνοτροφία, αλιεία, πολιτική γη κ.λπ.
Η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:

1. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
2. Διεύθυνση Κτηνιατρικής, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
3. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας, με έδρα το Μεσολόγγι και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Αιτωλοακαρνανίας
4. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Αχαΐας, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Αχαΐας
5. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Ηλείας, με έδρα τον Πύργο και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Ηλείας