Το Τμήμα Προγραμματισμού, Μελετών και Αναπτυξιακών Προγραμμάτων Αγροδιατροφής είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την κατάρτιση ετήσιων και πολυετών περιφερειακών αναπτυξιακών προγραμμάτων για τη γεωργία και την κτηνοτροφία και την παρακολούθηση εκτέλεσης/υλοποίησης αυτών,
2. την εκπόνηση και αξιολόγηση σχετικών μελετών και μέτρων πολιτικής,
3. τον Προγραμματισμό και την κατάστρωση ετήσιων χρονοδιαγραμμάτων δράσεων, τον  ορισμό στοχοθεσίας, και τον απολογισμό δραστηριοτήτων ολόκληρου του αγροτικού τομέα της Περιφέρειας  σε συνεργασία με τις άλλες συναρμόδιες Υπηρεσίες,
4. τη διαφύλαξη και προστασία της γεωργικής γης από αλλαγή χρήσης της και ιδιαίτερα της γεωργικής γης με υψηλή παραγωγικότητα, σε συνεργασία με άλλες συναρμόδιες Υπηρεσίες της Περιφέρειας και το αρμόδιο Υπουργείο,
5. τη σύνταξη τομεακών και λοιπών προγραμμάτων έργων υποδομής για την μεταποίηση και εμπορία αγροτικών προϊόντων και υποστήριξη προτάσεων για την ένταξή τους σε ευρωπαϊκά και εθνικά προγράμματα,
6. την υποβολή προτάσεων, την εκπόνηση μελετών και την παρακολούθηση υλοποίησης δράσεων που αφορούν την ίδρυση καινοτόμων αναπτυξιακών δικτυώσεων αναβάθμισης της αγροδιατροφικής αλυσίδας,
7. την αντιμετώπιση των τεχνικών, οικονομικών και διαρθρωτικών προβλημάτων των γεωργικών εκμεταλλεύσεων,
8. την εισήγηση για έκδοση αποφάσεων σύστασης δευτεροβάθμιων επιτροπών για την αναγνώριση των ομάδων παραγωγών σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις,
9. τη συγκέντρωση, καταγραφή και επεξεργασία στοιχείων για τους τομείς γεωργίας και κτηνοτροφίας σε επίπεδο Περιφέρειας με σκοπό τη σύνταξη απολογιστικών εκθέσεων και στρατηγικών σχεδίων ανάπτυξης του αγροτικού και αγροδιατροφικού τομέα της Περιφέρειας και την εκπόνηση γεωργοτεχνικών και γεωργοοικονομικών μελετών αρδευτικών έργων, με σκοπό την ένταξή τους σε ευρωπαϊκά ή εθνικά προγράμματα,
10. την έκδοση προσκλήσεων του ΠΑΑ σε περιφερειακό επίπεδο, στις περιπτώσεις που απαιτείται μετά από σχετική ενημέρωση από την ΕΥΔ/ΠΑΑ, καθώς και τη μέριμνα για την ευρεία δημοσιοποίησή τους και την καταχώρησή τους στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Αγροτικής Ανάπτυξης (ΟΠΣΑΑ),
11. την εισήγηση στον Περιφερειάρχη για την έκδοση όλων των αναγκαίων αποφάσεων που αφορούν την εφαρμογή και υλοποίηση των δράσεων του ΠΑΑ αρμοδιότητάς του,
12. την επεξεργασία των κριτηρίων επιλογής των πράξεων των υπομέτρων και δράσεων του ΠΑΑ αρμοδιότητάς του και την εισήγηση στην ΕΥΔ/ΠΑΑ για την οριστικοποίηση ή/και την τροποποίησή τους,
13. την καταχώριση και την ευθύνη για την ακρίβεια, την ποιότητα και πληρότητα των στοιχείων στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Αγροτικής Ανάπτυξης (ΟΠΣΑΑ),
14. τη σύνταξη και την καταχώρηση στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Αγροτικής Ανάπτυξης (ΟΠΣΑΑ) των τεχνικών δελτίων πράξεων,
15. την εξαγωγή στατιστικών δεδομένων και την επεξεργασία τους,
16. τη συνεργασία με την αρμόδια Μονάδα της ΕΥΔ ΠΑΑ στο πλαίσιο του έργου του Εθνικού Αγροτικού Δικτύου για αντικείμενα που σχετίζονται με τα Μέτρα αρμοδιότητάς του.

Το Τμήμα Συντονισμού της Υλοποίησης Δράσεων Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. τον ορισμό στοχοθεσίας, τον προγραμματισμό και την κατάστρωση ετήσιων χρονοδιαγραμμάτων δράσεων και τον απολογισμό δραστηριοτήτων των τομέων Φυτικής, και Ζωικής παραγωγής της Περιφέρειας σε συνεργασία με τις συναρμόδιες Υπηρεσίες των Περιφερειακών Ενοτήτων,
2. την εφαρμογή προγραμμάτων και λήψη μέτρων για τη βελτίωση της δενδροκομίας, της αμπελουργίας, των φυτών μεγάλης καλλιέργειας, των κηπευτικών καθώς και των καλλωπιστικών και φαρμακευτικών φυτών,
3. την επισήμανση εχθρών και ασθενειών του φυτικού κεφαλαίου σε περιφερειακό επίπεδο και λήψη μέτρων για την αντιμετώπισή τους,
4. τη μελέτη και προγραμματισμό διατήρησης της γονιμότητας και βελτίωσης των γεωργικών εδαφών,
5. την επόπτευση και το συντονισμό όλων των αγρο-περιβαλλοντικών προγραμμάτων της Περιφέρειας και την παρακολούθηση της εκτέλεσή τους,
6. τον έλεγχο και την παρακολούθηση παραγωγής προϊόντων Βιολογικής Γεωργίας, Προστατευόμενης Ονομασίας Προέλευσης (ΠΟΠ) και Προστατευόμενης Γεωγραφικής Ένδειξης (ΠΓΕ) φυτικής, ζωικής και αλιευτικής προέλευσης,
7. τη ρύθμιση θεμάτων που προκύπτουν από τη χωροθέτηση της γεωργικής γης και των βοσκοτόπων, την αλλαγή της χρήσης τους, τις εγγειοδιαρθρωτικές επεμβάσεις στις ιδιωτικές γεωργικές εκμεταλλεύσεις και τη μελέτη των σχετικών προβλημάτων, σε συνεργασία με τις λοιπές Υπηρεσίες της Περιφέρειας,
8. τον καθορισμό ζωνών προστασίας και την καταστροφή εντός αυτών των παράνομων καλλιεργειών,
9. το συντονισμό και την παρακολούθηση τακτικών και εκτάκτων ελέγχων διακίνησης ζωοτροφών,
10. τη διασφάλιση συμμόρφωσης των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων με τους ισχύοντες κοινοτικούς και εθνικούς κανόνες καθ’ όλη τη διάρκεια εφαρμογής τους, με τη διενέργεια επιτόπιων ελέγχων στις περιπτώσεις που απαιτείται μετά από σχετική ενημέρωση από την ΕΥΔ/ΠΑΑ, οι οποίοι καλύπτουν ανά περίπτωση τις ενδεικνυόμενες διοικητικές, οικονομικές και φυσικές πτυχές πράξεων των μέτρων που αναλαμβάνει,
11. την εισήγηση στα αρμόδια όργανα για μείωση ή ακύρωση μέρους ή του συνόλου της ενίσχυσης της πράξης, η οποία επιβάλλεται ως αποτέλεσμα ελέγχου και την ενημέρωση του Οργανισμού Πληρωμών προκειμένου να πραγματοποιηθούν οι σχετικές ενέργειες ανάκτησης των αχρεωστήτως καταβληθέντων ποσών,
12. τη σύνταξη των φακέλων πληρωμής πράξεων των δράσεων του ΠΑΑ και διαβίβασή τους στον Οργανισμό Πληρωμών,
13. την ακρίβεια και πληρότητα των στοιχείων που καταχωρούνται στο Πληροφοριακό Σύστημα

Το Τμήμα Υλοποίησης της Τεχνικής Υποστήριξης του ΠΑΑ είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την υλοποίηση των ενεργειών Τεχνικής Υποστήριξης Εφαρμογής των μέτρων του ΠΑΑ αρμοδιότητάς του και την τήρηση των στοιχείων φυσικού και οικονομικού αντικειμένου των ενεργειών αυτών,
2. την παροχή Τεχνικής Υποστήριξης για τη λειτουργία του εξοπλισμού εφαρμογής μέτρων του ΠΑΑ στην Περιφέρεια,
3. το σχεδιασμό της αναγκαίας υλικοτεχνικής υποδομής, σε περιφερειακό επίπεδο, εφαρμογής του ΠΑΑ και την εγκατάσταση και ενημέρωση των απαραίτητων λογισμικών,
4. την τήρηση ιδιαίτερου πρωτοκόλλου και αρχείου για το ΠΑΑ 2014-2020, την ευθύνη διακίνησης εγγράφων και εν γένει τη γραμματειακή υποστήριξη των αρμόδιων Τμημάτων της Υπηρεσίας για τη διαχείριση και εφαρμογή του ΠΑΑ,
5. την οργάνωση εκπαιδευτικών και ενημερωτικών προγραμμάτων σε θέματα του αγροδιατροφικού τομέα που καθορίζονται σε συνεργασία με τις συναρμόδιες Υπηρεσίες της Περιφέρειας,
6. την οργάνωση και τήρηση βιβλιοθήκης εργαλείων, μελετών, στοιχείων και απαραίτητων βοηθημάτων για τις ανάγκες των αρμόδιων Υπηρεσιών της Περιφέρειας για τη Διαχείριση, Εφαρμογή και Υλοποίηση μέτρων του ΠΑΑ,
7. την ακρίβεια και πληρότητα των στοιχείων που καταχωρεί στο ΟΠΣΑΑ.

Το Τμήμα Αλιείας είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. τον ορισμό στοχοθεσίας, τον προγραμματισμό και την κατάστρωση ετήσιων χρονοδιαγραμμάτων δράσεων και τον απολογισμό δραστηριοτήτων του τομέα Αλιευτικής παραγωγής της Περιφέρειας σε συνεργασία με τα Τμήματα Αλιείας των Διευθύνσεων Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής των Περιφερειακών Ενοτήτων για θέματα αρμοδιότητάς τους,
2. τη συγκέντρωση, καταγραφή και επεξεργασία στοιχείων για τους τομείς αλιείας-υδατοκαλλιεργειών σε επίπεδο Περιφέρειας με σκοπό τη σύνταξη απολογιστικών εκθέσεων και στρατηγικών σχεδίων ανάπτυξης για τους τομείς  αλιείας-υδατοκαλλιεργειών,
3. την κατάρτιση ετήσιων και πολυετών περιφερειακών αναπτυξιακών προγραμμάτων για  την αλιεία & υδατοκαλλιέργεια, καθώς και εκπόνηση και αξιολόγηση σχετικών μελετών και μέτρων πολιτικής,
4. το σχεδιασμό των στόχων ανάπτυξης του τομέα αλιείας-υδατοκαλλιέργειας και παρακολούθηση της πορείας υλοποίησής τους  με ιδιαίτερη έμφαση στην αειφορική διαχείριση των οικοσυστημάτων, την ανάπτυξη και αξιοποίηση της παραγωγής, την αύξηση της απασχόλησης ανθρώπινου δυναμικού τόσο στον τομέα όσο και στις γύρω από αυτόν παρεχόμενες υπηρεσίες π.χ. αλιευτικός τουρισμός, παροχές υπηρεσιών, κατασκευές κλπ.,
5. την εφαρμογή προγραμμάτων ανάπτυξης του ιχθυοπονικού εν γένει πλούτου εσωτερικών υδάτων (ρεόντων υδάτων, φυσικών και τεχνητών λιμνών),
6. τη συμμετοχή σε μικτά κλιμάκια ελέγχου αλιευτικών προϊόντων,
7. τη συνεργασία με φορείς για την διοργάνωση ενημερωτικών εκδηλώσεων που αφορούν στον τομέα της αλιείας και στην προστασία του υδάτινου περιβάλλοντος και των υδρόβιων οργανισμών και την προβολή του έργου της Περιφέρειας.

Το Γραφείο Γραμματειακής Υποστήριξης είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την οργάνωση, ταξινόμηση και τήρηση του πρωτοκόλλου καθώς και το φυσικό και ηλεκτρονικό αρχείο της Διεύθυνσης,
2. τη διεκπεραίωση και διακίνηση της αλληλογραφίας της υπηρεσίας και αρχειοθέτηση,
3. την επικύρωση, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, αντιγράφων και φωτοαντιγράφων, οποιονδήποτε εγγράφων ή δικαιολογητικών, τα οποία τηρούνται στο αρχείο της Διεύθυνσης.