Το Τμήμα Υπηρεσιών και Επαγγελμάτων Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για :

1. τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας ιδιωτικών κλινικών, ιδιωτικών προνοιακών επιχειρήσεων, μονάδων ημερήσιας νοσηλείας, μονάδων χρόνιας αιμοκάθαρσης εκτός Νοσοκομείων και ιδιωτικών κλινικών, εργαστηρίων και πάσης φύσεως χώρων άσκησης ιδιωτικού επαγγέλματος υγείας και πρόνοιας και σε δευτεροβάθμιο επίπεδο τη χορήγηση αδειών ιατρείων και οδοντιατρείων,
2. την άδεια σκοπιμότητας φορέων Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας,
3. τη διενέργεια εξετάσεων ιατρικών ειδικοτήτων και βοηθών φαρμακείων καθώς και τη σύνταξη σχετικών αποφάσεων-βεβαιώσεων,
4. την εποπτεία ιατρικών, οδοντιατρικών, φαρμακευτικών συλλόγων,
5. τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας Μονάδων Ψυχικής Υγείας, την επιβολή κυρώσεων σε ιατρούς και οδοντιάτρους σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,
6. την επιβολή κυρώσεων σε ιατρούς και οδοντιάτρους οι οποίοι αναγράφουν ναρκωτικά σε απλές συνταγές και όχι στις ειδικές για το σκοπό αυτό, καθώς και στους φαρμακοποιούς που πωλούν ναρκωτικά με απλές και όχι με ειδικές συνταγές,
7. την τήρηση σειράς προτεραιότητας των αιτήσεων  ιατρών για ιατρικές ειδικότητες στα Νοσηλευτικά Ιδρύματα της Περιφέρειας,
8. την επιβολή κυρώσεων σε φορείς ΠΦΥ.

Το Τμήμα Δημόσιας Υγιεινής είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων δημόσιας υγιεινής,
2. τη διαφύλαξη της υγείας των ταξιδιωτών και προάσπιση της δημόσιας υγείας,
3. τους εμβολιασμούς μετακινούμενου πληθυσμού,
4. τη χορήγηση προληπτικής, φαρμακευτικής αγωγής όπως χημειοπροφύλαξη,
5. την ενημέρωση για την αντιμετώπιση των ασθενειών και οδηγίες για νοσήματα, για την κατανάλωση νερού και τροφίμων, για τις επιδημίες λοιμωδών νοσημάτων σε διάφορες χώρες,
6. τη λήψη μέτρων για την πρόληψη λοιμωδών νοσημάτων,
7. την επιδημιολογική επιτήρηση και διερεύνηση κρουσμάτων για πρόληψη επιδημιών,
8. το συντονισμό, την εποπτεία, την εκπόνηση προγραμμάτων κωνωποκτονίας καθώς και τη λήψη μέτρων έναντι επιδημίας ελονοσίας,
9. την έκδοση οδηγιών και μέτρων πρόληψης των υποχρεωτικών και απαραίτητων εμβολιασμών που αφορούν ταξιδιωτική ιατρική χορήγηση βιβλιαρίου διεθνούς τύπου της Παγκόσμιας Οργάνωσης Υγείας,
10. κάθε θέμα που αφορά τη Δημόσια Υγεία και διέπεται από την ισχύουσα νομοθεσία με στόχο τη διατήρηση, προάσπιση και προαγωγή της Δημόσιας Υγείας.

Το Τμήμα Πρόληψης και Προαγωγής Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την ανάπτυξη εκείνων των διαδικασιών μέσω των οποίων τα άτομα γίνονται ικανά να αναπτύξουν τον έλεγχο πάνω στην υγεία τους και να τη βελτιώσουν,
2. την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων προληπτικής ιατρικής, οδοντιατρικής, ψυχικής υγιεινής,
3. την εκπόνηση και εφαρμογή προληπτικών προγραμμάτων υγείας με χρήση κινητής μονάδας,
4. την πρόληψη εξαρτήσεων από εξαρτησιογόνες ουσίες, την αντιμετώπιση του αλκοολισμού, την κατάχρηση ουσιών, τις ψυχικές εξαρτήσεις και τον εθισμό,
5. την κοινωνική επανένταξη και αποϊδρυματοποίηση ΑμεΑ και χρονίως ψυχικά πασχόντων,
6. τον προγραμματισμό και συντονισμό κάθε είδους μαζικού εμβολιασμού,
7. τη συγκρότηση  γνωμοδοτικής Επιτροπής για ίδρυση οίκων ανοχής,
8. την ενημέρωση για προγράμματα πρώτων βοηθειών,
9. τη συνεργασία με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο και με φορείς για την υλοποίηση προγραμμάτων Δημόσιας Υγείας,
10. κάθε θέμα που αφορά τη Δημόσια Υγεία και διέπεται από την ισχύουσα νομοθεσία με στόχο τη διατήρηση, προάσπιση και προαγωγή της Δημόσιας Υγείας.

Το Γραφείο Γραμματειακής Υποστήριξης είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την τήρηση Πρωτόκολλου της υπηρεσίας,
2. τη διεκπεραίωση και διακίνηση της αλληλογραφίας,
3. την αρχειοθέτηση, 
4. τη μέριμνα για τη λειτουργία του Τηλεφωνικού Κέντρου,
5. ζητήματα διοικητικών λειτουργιών και προσωπικού.