Η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής είναι αρμόδια για την οργάνωση, τον συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή την παροχή κατευθυντηρίων οδηγιών, προκειμένου να εξασφαλιστεί η βέλτιστη λειτουργικότητα και αποδοτικότητά τους, καθώς και τις αρμοδιότητες που απορρέουν από την υπουργική απόφαση 2545/2016(ΦΕΚ Β’3447/25.10.2016) όπως ισχύει και με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις.
Έχει τακτική και συστηματική συνεργασία με τα καθ΄ύλην αρμόδια Υπουργεία κατά κύριο λόγο, για αλληλοενημέρωση σε υπηρεσιακά θέματα, επίλυση προβλημάτων που προκύπτουν, απάντηση σε ερωτήματα που δημιουργούνται από την εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας σχετικά με την αγροτική οικονομία, κτηνοτροφία, αλιεία, πολιτική γη κ.λπ.
